A análise paleoecológica de testemunhos de sondagens (cores) é, geralmente, feita com grupos micropaleontológicos devido à necessidade em garantir um número mínimo de exemplares (100 a 300, no geral), para efeitos de representatividade estatística. Por seu lado, os trabalhos paleoecológicos em sondagens procuram tirar o máximo partido de uma amostragem densa, isto é, pequenos volumes de amostra recolhidos a curtos intervalos de espessura do(s) testemunho(s), a fim de procurar obter séries temporais com a maior resolução temporal possível (tendo em conta os efeitos da bioturbação, ressedimentação, erosão, etc...). Deste modo, a utilização de grupos de macrofósseis, embora possível, tira pouco partido deste tipo de amostragem.
Seja como for, o meu conselho é: tentar recolher o maior número possível de exemplares completos (ou pelo menos reconheciveis) no menor volume (espessura) por amostra possível, no maior número de amostras possível. A partir daí, boa sorte...
Ao teu dispor para futuras trocas de opinião, saudações paleontológicas,
Mário Cachão (mcachao@fc.ul.pt)
P.S. Lamento mas não conheço bibliografia especifica sobre a tua questão (talvez se referires os grupos de macrofósseis com que trabalhas poderei ser mais específico).